Na cisie występuje mniej zgnilizn drewna niż na innych gatunkach drzew iglastych.
Wśród spotykanych stosunkowo często na tym drzewie można wymienić:
zgniliznę brunatną powodowaną przez Laetiporus sulphureus, która na cisie występuje częściej niż na innych drzewach iglastych,
zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Ganoderma lucidum,
zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Polyporus squamosus,
zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Phellinus hartigii.