Na cisie występuje mniej zgnilizn drewna niż na innych gatunkach drzew iglastych.

Wśród spotykanych stosunkowo często na tym drzewie można wymienić:

• zgniliznę brunatną powodowaną przez Laetiporus sulphureus, która na cisie występuje częściej niż na innych drzewach iglastych,
• zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Ganoderma lucidum,
• zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Polyporus squamosus,
• zgniliznę białą jednolitą powodowaną przez Phellinus hartigii.