Zabiegiem zbliżonym do szkółkowania jest pikowanie. Wiele gatunków ma skłonność do tworzenia korzenia palowego, a niewiele - słabszych korzeni bocznych, co zwiększa prawdopodobieństwo nieprzyjęcia się roślin po ich przesadzeniu. Aby otrzymać siewki z dobrze rozwiniętym systemem korzeniowym stosuje się pikowanie lub podcinanie korzeni.

Pikowaniem nazywa się czynność przesadzania bardzo małych siewek wkrótce po wzejściu, gdy mają one tylko liścienie i nie rozwinięte jeszcze pierwsze listki. Im później pikuje się siewki, tym więcej powstaje wypadów. Powszechnie pikuje się siewki jabłoni i grusz, a dobre wyniki daje też pikowanie siewek klonów, buka, lipy i innych. Pikowanie stosowane bywa w odniesieniu do egzotów i innych cennych gatunków, gdy z powodu niewielkiej ilości nasion chce się je jak najoszczędniej wykorzystać i dlatego wysiewa się je siewem pełnym pod szkłem (limba, cis, jedlica).

Pikowanie siewek jest bardzo pracochłonne i kosztowne, dlatego stosuje się je w tych przypadkach, gdy szczególnie zależy na dobrym systemie korzeniowym. Siewki powinno się pikować możliwie jak najwcześniej, gdy tylko rozwiną się dwa pierwsze listki. Przed przystąpieniem do wyjmowania siewek powinno się je silnie podlać. Siewki wykopuje się małą łopatką, podważając je ostrożnie z jednej strony, a następnie wyjmuje ręką. Zaraz po wyjęciu należy przycinać siewkom korzenie a rośliny umieścić w naczyniu zawierającym na dnie papkę z ziemi. Chore i krzywe siewki w czasie pikowania odrzuca się. Wypikowane rośliny powinny być posadzone nieco głębiej niż rosły poprzednio.

Do sadzenia używa się kółeczka z twardego drewna o długości około 20 cm i grubości 2 cm, w dolnej części obitego cienką blachą. Jeżeli pikowanie wypadnie w okresie posuchy, podlewanie trzeba powtarzać aż do chwili przyjęcia się siewek, co poznaje się po tym, że listki nabierają ciemniejszej barwy a rośliny zaczynają rosnąć.