Swoistą formą substancji organicznej w glebie jest próchnica glebowa, która jest naturalną mieszaniną (kompleksem) różnych substancji organicznych i mineralno-organicznych, gromadzących się w glebie oraz na jej powierzchni i będących różnymi stadiami naturalnego przetworzenia (humifikacji) szczątków roślin i zwierząt, głównie pod wpływem organizmów glebowych.

Próchnica wywiera dodatni wpływ na tworzenie się wodoodpornej struktury gleb, korzystnych stosunków wodno-powietrznych oraz termicznych.

W glebach piaszczystych próchnica działając jako lepiszcze strukturotwórcze zwiększa ich zwięzłość. Pod wpływem próchnicy zmniejsza się w tych glebach przemieszczanie cząstek drobnych do dolnych części profilów glebowych. W glebach o cięższym składzie mechanicznym próchnica wpływa na zmniejszenie się ich zwięzłości.

Substancja organiczna wpływa na zdolności sorpcyjne i na kształtowanie się zasobności gleb. Swoiste związki próchniczne stanowią istotną część składową kompleksu sorpcyjnego, którego zdolność chłonna przewyższa znacznie pojemność sorpcyjną jego części mineralnej.

Związki próchniczne zwiększają też zdolności buforowe gleb, regulując odczyn ich roztworów oraz stężenie składników pokarmowych.

Związki humusowe są poważnym źródłem węgla i azotu, które to składniki w toku rozkładu próchnicy zostają uwalniane, przechodząc w dwutlenek węgla, amoniak i inne składniki proste.