Długookresowe przechowywanie rezerw nasion na lata nieurodzaju wymaga zastosowania komór chłodniczych o regulowanej temperaturze, a w niektórych wypadkach również i wilgotności.

W zależności od wymagań nasion, w przechowalniach długookresowych są stosowane 3 typy komór chłodniczych:

• z temperaturą od +1 do -1°C i regulowaną wilgotnością, w których przechowuje się przez 2-3 lata nasiona dębu,
• z temperaturą od +1 do -5°C, do przechowywania przez okres do 10 lat nasion gatunków iglastych pozyskiwanych w wyłuszczarniach oraz do przechowywania w razie potrzeby przez 2-3 lata niewielkich partii nasion cennych pochodzeń gatunków liściastych, takich jak: brzoza, olsza, jesion i wiąz,
• z temperaturą od -5 do -10°C, do przechowywania przez 2-3 lata nasion jodły i buka.

Komory chłodnicze pierwszego typu mogą być instalowane w dużych szkółkach, w wielokomorowych przechowalniach służących zarazem do przechowywania sadzonek. Pozwala to na racjonalne wykorzystywanie wszystkich pomieszczeń niezależnie od urodzaju żołędzi. Żołędzie o zawartości wody 42-43% przechowuje się w odkrytych pojemnikach zmieszane z substratem. Żołędzie o mniejszej lub większej wilgotności, rozłożone cienką warstwą (do 10 cm), należy albo delikatnie podsuszyć, albo nawilżyć przez zamgławianie lub bardzo drobnokropelkowe zraszanie. Do przechowywania żołędzi używa się pojemników i butli metalowych lub plastykowych o pojemności 30-50 litrów, z szerokim otworem wsypowym.

Dopuszcza się stosowanie beczek o pojemności 100 litrów. Do każdego pojemnika przed wsypaniem żołędzi musi być wstawiona perforowana rura plastykowa o średnicy 5 (w pojemnikach 30-litrowych) lub 10 cm (w beczkach), sięgająca od dna do górnego otworu pojemnika. Jako substrat stosuje się rozdrobniony torf lub piasek rzeczny o wilgotności zbliżonej do wilgotności przechowywanych żołędzi, tzn. 40-45%. Żołędzie miesza się z torfem lub piaskiem w proporcji objętościowej 1:1. Wilgotność względna powietrza w komorze chłodniczej powinna wynosić 80-90%.

Komory chłodnicze drugiego typu są instalowane w magazynach nasion znajdujących się przy wyłuszczarniach. Nasiona o wilgotności 6-7% przechowuje się w hermetycznych pojemnikach (butlach szklanych, bańkach plastykowych itp.). Taką wilgotność mają nasiona sosny zwyczajnej, czarnej, wejmutki oraz świerka, modrzewia i jedlicy po procesie wyłuszczania z szyszek. Nasiona gatunków liściastych muszą być podsuszone w czasie wstępnego przechowywania luzem.

W komorach chłodniczych trzeciego typu przechowuje się w hermetycznych pojemnikach nasiona jodły i buka o zawartości wody 9-11%. Komory te są instalowane w przechowalniach, w których jednocześnie znajdują się komory o temperaturze od +1 do +3°C, przeznaczone do stopniowego schładzania i odmrażania nasion, pomieszczenia do przedsiewnego przysposobienia nasion oraz pomieszczenia i urządzenia do stopniowego podsuszania nasion przed złożeniem ich do długookresowego przechowywania.

Nasiona buka podsusza się stopniowo, w ciągu 1-2 dni, w wymuszonym prądzie suchego powietrza o temperaturze 15-20°C. Zawartość wody w nasionach powinna wynosić nie więcej niż 10% w stosunku do świeżej masy. Podsuszone nasiona wsypuje się luzem do plastykowych worków umieszczonych w pojemnikach metalowych lub sztywnych pojemnikach plastykowych. Worki zawiązuje się sznurkiem, a pojemniki zamyka hermetycznie. Pojemniki, które powinny być prawie całkowicie wypełnione nasionami, umieszcza się na jedną dobę w temperaturze około 0°C, a następnie na cały okres przechowywania - w chłodni o stałej temperaturze około -10°C.

Po zakończeniu przechowywania nasiona znów aklimatyzuje się przez 1 dobę w temperaturze około 0°C, a następnie nawilża stopniowo w temperaturze +3°C, aż do osiągnięcia przez nie zawartości co najmniej 31% wody w stosunku do świeżej masy. Nawilżanie trwa około 7 dni przy codziennym rozpylaniu wody nad nasionami i starannym mieszaniu ich. Napęczniałe nasiona chłodzi się potem w temperaturze +3°C i co tydzień uzupełnia ubytek wody, przez czas ustalony na podstawie stratyfikacji próbnej.

Przechowywanie nasion buka należy więc zakończyć pod koniec zimy w terminie wcześniejszym od daty przewidywanego wysiewu o czas nawilżania (7 dni) plus czas chłodzenia x + 2 lub x + 4 tygodnie (6-8 tygodni), wyznaczony okresem stratyfikacji próbnej (x jest to okres potrzebny do skiełkowania 10% żywych nasion). Dwa tygodnie dodaje się w przypadku energicznego, a 4 tygodnie w przypadku rozciągniętego w czasie kiełkowania nasion. Próbną stratyfikację wykonuje się po etapie podsuszenia bukwi i wskazane jest powtarzanie jej co drugi rok w trakcie przechowywania, na przemian z próbą określania żywotności na podstawie barwienia zarodków. Technologia przechowywania nasion jodły w skali gospodarczej jest jeszcze w trakcie badań.

Do długookresowego przechowywania nasion powinno się przeznaczać jednolite partie nasion o wysokiej wartości hodowlanej, zebrane w roku co najmniej średniego urodzaju i - w miarę możliwości - jak najlepiej oczyszczone. Wszelkie zanieczyszczenia, nasiona uszkodzone mechanicznie, opanowane przez owady i zagrzybione są dodatkowym źródłem i podłożem infekcji chorobowych. Całkowite usunięcie zanieczyszczeń jest możliwe, a zarazem konieczne u takich gatunków, jak buk i dąb. U dębu bezszypułkowego usuwa się także żołędzie z kiełkami.